Fragmentácia je stav súborového systému, keď sú jednotlivé súbory uložené na disku nie v celku, ale rozdelené na menšie fragmenty. Vzniká predovšetkým na súborových systémoch FAT a FAT32, čiastočne aj na NTFS. Vzniká obyčajne pri veľkých zmenách obsahu diskov, pri hromadnom kopírovaní, presúvaní a mazaní dát, keď nové dáta sa fyzicky ukladajú nie kompaktne na jedno súvislé miesto disku, ale do viacerých "dier", ktoré ostali voľné po vymazaní dát.

Fragmentácia výrazným spôsobom negatívne ovplyvňuje výkonnosť diskového subsystému počítača, preto sa na odstránenie fragmentácie používa proces zvaný defragmentácia.